| 对加工工艺而言，粉剂含卤消毒剂对下层水和含病原菌体较多的池底消毒效果不太理想；含卤颗粒剂不易泼洒均匀，有可能造成局部剂浓度较大，使部分养殖动物受刺激过大从而产生不良影响，又有可能造成局部浓度较小，消毒效果不好。
据报道，含氯、溴消毒剂在当水温高于25℃时，按正常用量将含氯、溴消毒剂用于河蟹，会造成河蟹死亡（在室内做试验则河蟹不会死亡），死亡概率在20－30％。在水质肥沃时使用，会导致缺氧泛塘。
一、氯制剂
氯制剂虽然杀菌效果较为理想，但它具有易挥发、有效时间短、对水产动物刺激性大、消毒力受有机物影响以及有致癌作用等缺陷。加上长期使用，导致使用量不断加大，耐药菌株与病毒变异加大，使人们对养殖疾病控制的难度加大。另外，含氯消毒剂易受水中酸碱度变化的影响，且对器具有腐蚀作用。人们研究发现氯制剂中含有的有效氯与水体作用生成各种卤化物，产生多种不易挥发的卤化有机物（如三卤甲烷等），同时氯制剂与水中氨作用，生成氯胺，对水中病原体不但没有灭活作用，且达到一定浓度后，对水生生物还有毒副作用。
漂白粉：不得与酸类、福尔马林、生石灰等混用。
二氯异氰尿酸钠，三氯异氰尿酸钠：现配现用，宜在阴天傍晚施药，避免使用金属器具。保存于干燥、通风处。不能与酸、铵盐、硫磺、生石灰等混用。
二氧化氯：现配现用，药效受有机物含量、光照等影响。不得使用金属器皿盛装，不宜与其他消毒剂混用。
二、溴制剂
水产常用溴制剂为二溴海因和溴氯海因，当海因类含溴制剂有效成份大于20％的，在水温超过32℃时，若水体内三天累计用量超过200克／亩·米，会造成在脱壳期内的甲壳水生动物死亡。
三、碘制剂
碘制剂虽杀菌效果好，但易受光线、温度、有机物含量的影响，易蒸发失效，与硫代硫酸钠共用氧化脱色；与生物碱共用会变蓝色；与龙胆紫共用疗效减弱；与挥发油、脂肪油共用分解失效；与一些呋喃类药物合用有拮抗作用；因此不宜与碱类、重金属盐类、硫代硫酸钠、季铵盐等混用；对冷水鱼类有伤害，并可能致死。
碘具有较强杀灭病毒的功能，但碘易挥发。
聚维酮碘：缺氧、浮头及天气异常时禁用，光照、加热条件下不稳定，不能用金属容器盛装，不能与强碱类物质及重金属物质混用。
季铵盐碘：不可与其他阳离子表面活性剂合用，瘦水塘慎用。
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